بررسی تنوع فنوتیپی، هاپلوتایپی و نقشه یابی ارتباطی در ژنوتیپ های برنج

برنج غذای اصلی بیش از نیمی از مردم جهان است، با توجه به اینکه که ارزش اقتصادی یک رقم به صفات مختلف آن بستگی دارد؛ بنابراین چگونگی اعمال انتخاب برای چندین صفت به منظور حصول حداکثر ارزش اقتصادی همواره مورد نظر بهنژادگران بوده است. از این رو، دانش دقیق از رفتار ژنتیکی و اصلاحی این صفات به اصلاح واریته ها کمک خواهد کرد. شناسایی نشانگرهای مولکولی کاملاً پیوسته با ژن مورد نظر و مکان یابی آن ها یکی از اهداف مهم در اصلاح برنج است. به منظور نقشه یابی ارتباطی و بررسی تنوع هاپلوتایپی qtl های برخی از صفات مهم زراعی، 100 ژنوتیپ برنج از منابع مختلف ژنتیکی در طرح بلوک های ناقص سه گانه 10×10 کشت شدند. نتایج حاصل از تجزیه واریانس صفات مورد مطالعه اختلاف معنی داری را بین صفات نشان داد. بررسی آماره های چند متغیره (تحلیل عاملی، تجزیه همبستگی، تجزیه ضرایب مسیر و تجزیه رگرسیون مرحله ای) نشان داد که تنوع فنوتیپی قابل ملاحظه ای در ژرم پلاسم مورد مطالعه وجود دارد همچنین شاخص های نشانگری، فواصل ژنتیکی، ساختار جامعه، آماره های چند متغیره نشانگری به وسیله 91 نشانگرمولکولی ارزیابی شدند که نتایج آن حاکی از تایید نتایج فنوتیپی و وجود تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای بود. نتایج نقشه یابی ارتباطی حاکی از ارتباط شدید تعدادی از نشانگرهای مولکولی با صفات شکل دانه صفات (طول دانه، عرض دانه، نسبت طول به عرض دانه)، شکل برگ پرچم (طول برگ پرچم، عرض برگ پرچم، سطح برگ پرچم)، ارتفاع بوته، تعداد روز تا خوشه دهی و وزن هزار دانه داشت. بررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی منجر به کشف بلوک های هاپلوتایپی در کروموزوم های 1، 3 و 4 برای qtl های مورد بررسی شد؛ و بر اساس آلل های موثر موجود در هر بلوک هاپلوتایپی، تنوع آن مورد بررسی قرار گرفت. بررسی های بیوانفورماتیکی نیز به منظور درک صحیح از روابط صفات و ژنوتیپ ها انجام شد. بنابر نتایج بدست آمده می توان آلل های موثر در هر صفت را به منظور انتخاب هم زمان به کمک چند نشانگر برای بهبود صفات در پروژه های اصلاحی به کار گرفت.